皮脂腺囊肿如果要根治，需要将囊肿彻底切除。吃药可以缓解急性炎症的症状，但是不能根治。
皮脂腺囊肿急性炎症期，可以口服清热解毒和消肿散结的药物，比如复方金银花颗粒、蒲公英颗粒等。如果皮脂腺分泌过于旺盛，可以口服抑制皮脂腺分泌的药物，比如维生素E胶囊、维胺酯胶囊。
皮脂腺囊肿主要的治疗方法是选择手术切除，因为皮脂腺有可能会继续增大，可能会压迫周边的组织。而且囊肿增大，手术也可能会留下明显的疤痕。