保留灌肠和不保留灌肠，都是用来治疗肛内或直肠，及结肠疾病的方式。两者总体上操作方法是相同的，只是药物在肠内及肛门内留存时间的长短有所不同。
保留灌肠是指灌肠的药物需要在灌肠结束后，长时间内保存在肛内，患者不能在灌肠后立即排出，药物的效果就会减弱，或者起不到治疗的作用。而不保留灌肠是指在灌肠结束后，患者就可以立即将药物排出肛外，不需要长时间保留在肛内或肠内。
需要保留灌肠，还是不保留灌肠，应根据患者的病情决定。需要保留灌肠时，要求患者灌肠结束后，尽量抑制排便的冲动，在不能坚持的情况下才可以排便。尤其是在治疗溃疡性肠炎，及便秘的疾病时，保留灌肠的时间越长，治疗效果越好。