体外冲击波碎石其原理是将液电超声或电磁波等能量聚焦到一个点上，打击结石，但对人体的组织是有一定的损伤。
最常见的并发症是在碎石的过程中引起输尿管或者肾脏的损伤，短期可引起输尿管局部的出血、水肿，随着时间的延长，碎石的输尿管局部可能会出现瘢痕性狭窄。
此外形体外冲击波碎石还可以出现肾绞痛，局部皮肤皮下出血、瘀斑，碎石不彻底或结石体积较大导致在输尿管内形成石街，此外因为输尿管上段结石可以导致肾脏积水，从而引起感染，碎石时可能会导致感染扩散，甚至出现败血症等。