临床上对于萎缩性咽炎治疗的药物一般是以下几种：
首先，适合口服的药物主要有，溶菌酶片或者度米芬含片。在使用口服药物之前，不要用复方硼砂液或者其他可以漱口的药物进行口腔清理。病情比较严重的患者，也可以使用雾化药物，对局部炎症进行清理， 同样可以缓解症状。
如果是因为病毒感染引起的萎缩性咽炎，可以在医生的指导下使用吗啉双胍或者金刚烷胺治疗。如果伴有发烧的症状，还需要配合使用具有退烧效果的药物，比如布洛芬、双氯芬酸钠缓释胶囊、新癀片等，可以使体温降至正常。