一般情况下如果是使用造血干细胞移植的方法治疗地中海贫血，复发的几率不是特别大。但是地中海贫血的患者应用造血干细胞移植进行治疗，往往是比较少的。
通常只有重度的β地中海贫血的患者，有可能会进行异基因的造血干细胞移植。异基因造血干细胞移植可以治愈重度的地中海贫血，但是由于骨髓配型比较困难，而且花费是比较高的。
在进行异基因造血干细胞移植以后，有的时候有可能会发生一些并发症，比如感染或者是移植物抗宿主病等等。所以，并非所有的地中海贫血的患者都会使用异基因造血干细胞移植的方式来进行治疗，只有极少数的患者进行这种治疗。