脑部囊肿引起的原因比较复杂，概括起来分为先天性和后天性因素。
1.先天性因素的脑部囊肿包括蛛网膜囊肿、室管膜囊肿、拉克氏囊肿，多与胚胎发育期异常相关。蛛网膜囊肿以及拉克氏囊肿体积增大，会引起相关的神经功能障碍，需要考虑手术治疗，而室管膜囊肿基本上无需治疗。
2.后天性因素引起的囊肿，基本上包括外伤引起的蛛网膜囊肿和局限性积液等。感染因素如颅内细菌感染引起的脑脓肿，和寄生虫感染引起的寄生虫病囊肿。其他部分脑肿瘤也伴有肿瘤的囊性病变，需根据不同的原因、有无临床症状，而采取不同的治疗方式。