严格来说自然流产与遗传因素并无相关性，主要跟胎儿染色体异常以及母体有相关疾病，父亲精子染色体异常以及一些外界毒物、药物、放射线作用有关。
临床上所见早期自然流产的病因中，胚胎的染色体异常是最常见的病因，百分比可以达到70%以上。并且父亲的精子染色体存在异常，同样会导致自然流产。
对于有过单次自然流产史的孕妇，在备孕期间注意早期孕期保健，如果再次发生自然流产，在下次怀孕之前，尽量到生殖医学科检测夫妻双方染色体，避免盲目备孕，再次发生多次自然流产。