人流手术也有一定的危险，常见的危险有出血、子宫穿孔、人工流产综合征反应、漏吸或空吸、吸宫不全、感染、羊水栓塞以及远期的并发症。所以，女性要尽可能地避免非计划的妊娠，以免需要进行人流手术。
如果人流时妊娠月份较大、子宫收缩欠佳，则可能导致出血过多。如果人流过程中操作不当或子宫本身的异常，容易引起子宫穿孔。在人流时，手术患者有可能出现恶心、呕吐、心动过缓、心律不齐等人工流产的综合征反应，与手术者的情绪、身体状况和手术操作有一定的关系。当进行人流手术时，存在着一定人流不全的风险，但是通过B超监测下进行人流，这种情况的发生率有所下降。
人流后如果短期内进行性生活或者不注意外阴卫生，以及在急性生殖道感染期进行人流，会导致感染的发生率增高。