1.二者的组织来源不同，颅咽管瘤的细胞来源于胚胎时期残余的颅咽管上皮细胞，垂体瘤可以是自身细胞增生导致，也可以是其它部位的肿瘤转移而来。
2.二者的发生部位不一致，颅咽管瘤可以发生在多个部位，也可以发生在脑垂体的部位，而垂体瘤主要以垂体的部位为主，不会出现在其它的位置。
3.颅咽管瘤可以导致患者出现颅内压升高的症状，会对视神经功能造成损失、内分泌紊乱，还可以破坏其他脑组织出现神经功能缺损的症状，脑垂体的症状相对较少。