一般并没有先天性尿毒症这一说法。先天性尿毒症指的患者患有先天性肾病而引起尿毒症，例如遗传性肾炎、常染色体遗传的多囊肾等。
但是对于该病患者，首先要在治疗这些先天性的疾病的基础上，然后再针对尿毒症治疗。同时还要一个控制该病引起的并发症，保护患者的肾功能。患者可以口服碳酸氢钠来纠正酸中毒，或者可以使用呋塞米等药物，控制患者的水钠紊乱，减轻患者器官的负担。
同时还要积极控制患者高血压，防止感染。如果病情严重，患者可进行透析治疗，还可以选择肾移植治疗。但是对于这些有遗传病的患者，肾移植的存活率较低，效果也不太好。