根管治疗后牙疼的原因包括：
一、扩大针等器械穿出根尖孔，损伤根尖周组织。
二、根管器械将坏死物质推出根尖孔，引起周围的感染。
三、氢氧化钙糊剂或牙胶尖超出根尖孔时，刺激周围组织，造成急性炎症反应。
四、颌面的修复体形成早接触，引发咬合创伤。
五、应用过氧化氢溶液冲洗根管时，造成皮下气肿，出现明显胀痛。
六、根管壁发生侧穿、细菌在根管周围不断繁殖时，产生疼痛。
七、过多地切割牙体组织，降低了牙齿的抗力性，形成牙根或牙冠的折裂，导致咬合疼痛。
八、存在侧支根管或有根管遗漏时，牙齿发生残髓炎，引起明显的疼痛。