大便细菌培养主要是用于检查细菌性的痢疾、伤寒、副伤寒、霍乱、嗜盐菌食物中毒等等疾病。
大便的细菌培养是由于大便组成的特殊性，利用其自身的特点，在人体的肠道内会存在大量的细菌，正常的肠道体内通常寄生有大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌等等，这些细菌对于正常的肠道是不会致病的。
但是当肠道发生生理改变的时候，也会引起某些疾病。常见的肠道病菌包括沙门氏菌、霍乱弧菌结合干净以及嗜盐菌等，这些菌种存在不同的特点，所以在采集处理和培养方法上都有其不同的表现形式，方便鉴别。