肾积水一般不能自愈，应当消除引起肾积水的病因，才能够将肾积水治愈。
如果是尿路结石所引起的肾积水，主要是进行排石处理，比如药物排石、体外冲击波碎石。在必要时还应通过手术的方式进行排石，尿路通畅后，肾积水也就会逐渐地痊愈。
如果肾积水为急性的泌尿系统感染疾病所引起，应及时地进行抗菌治疗，将致病菌消除，肾积水也会逐渐消退。
如果导致肾积水的因素长期不能消除，会导致肾积水越来越严重，会对肾脏造成严重损伤，甚至会引起肾衰竭。