黄色肉芽肿性肾盂肾炎需要与以下疾病相区分：
1.肾脏肿瘤，黄色肉芽肿性肾盂肾炎容易被误诊为肾透明细胞癌，可以用CT增强扫描鉴别，透明细胞癌的表现为皮质明显不规则增强，但是黄色肉芽肿性肾盂肾炎则增强不明显或者病灶内有囊状的不增强区域。
2.肾结核，肾结核的患者一般都有结核的中毒症状，然后在尿检中还可以发现结核杆菌，结核菌素实验阳性，CT可发现肾脏中存在囊性的低密度影。
3.肾脓肿，一般肾脓肿的患者多表现为腰痛，发热，白细胞较高，但与黄色肉芽肿性肾盂肾炎相比，肾脓肿发病比较急，CT显示为界限清晰的低密度病灶，增强扫描囊本身不强化，但是囊肿壁会强化。