治疗尖锐湿疣的药包括对尖锐湿疣疣体有腐蚀作用的药物、提高免疫力的药物，以及抗病毒的药物等等。
对于疣体有直接腐蚀作用的药物有咪喹莫特乳膏或鬼臼毒素酊等等；抗病毒的药物有干扰素，有外用的干扰素凝胶或者喷雾剂，和肌肉注射的干扰素注射液。
提高免疫的药物则包括口服药物、静脉点滴药物以及肌肉注射药物等，其中口服药物常见的有转移因子、左旋咪唑或者匹多莫德，肌肉注射的药物有胸腺肽注射液。