消炎药可以起到一定抗感染作用，对于预防和治疗甲状舌管囊肿感染有一定的效果，但是，并不能完全治愈甲状舌管囊肿。
甲状舌管囊肿是患者在胚胎发育过程中，由于各种原因导致的甲状舌管并未完全退化所导致的，可能与遗传有关，此类疾病并不是感染性疾病，所以使用消炎药物并不能彻底治愈。但是，甲状舌管囊肿可能发生囊肿感染、破溃。
此时，必须先采取消炎药物控制脓肿扩散及感染状态，在无吞咽困难、呼吸障碍后施行手术治疗，彻底切除囊肿及其周围组织，治愈甲状舌管囊肿。