针对炎症性肠病性关节炎的诊断，主要是根据患者的临床表现，再结合相关的辅助检查，肠镜检查以及影像学检查、病理学检查结果等来综合分析判断进行的。
一般如果患者存在有慢性消化道的症状，比如腹痛、腹泻伴有黏液、脓血便。以及出现关节炎的表现，比如慢性腰背部或者大腿根部的疼痛不适，伴有外周关节的肿痛，比如膝关节、踝关节、足趾关节的肿胀、疼痛和压痛感，也可能有僵硬的感觉。
再结合骶髂关节的影像学检查，以及肠镜和病理学检查，就可以进行诊断。