扁平疣的治疗，可以根据皮损数量的多少来决定。
如果这种扁平疣长的比较少，只是零星出现，可以选择激光或者是液氮冷冻的方式把其去除掉。在局部恢复之后，配合涂抹重组人干扰素凝胶等防止复发的药物就可以。如果这种扁平疣的数量非常多，遍布全身，则可以选择使用扁平疣皮下埋入术，也可以选择在局部皮肤表面大面积涂抹鬼臼毒素或者是足叶草酯酊，这样也可以起到一定的治疗作用。
但是，一定要注意提高自身的免疫力，如果免疫力比较弱的情况下，就算是把身上存在的扁平疣治疗好之后，这种疾病还是有可能会反复发作。