子宫内膜不典型增生，可以通过保守治疗，必要时手术治疗。
轻度的子宫内膜不典型增生，可以应用孕激素进行治疗，因为有部分患者是由于体内激素水平失调引发的，经过应用甲羟孕酮调理一段时间后能帮助子宫内膜脱落，改善不规则的阴道流血。也可以上曼月乐环，能抑制子宫内膜增生，从而达到治疗的效果，但是要定期做诊断性的刮宫，再根据病理检查结果，采取合适的治疗方案。
对于没有生育要求的女性，重度的子宫内膜不典型增生，最好做子宫切除手术，以免病情进展为子宫内膜癌。