导致胎儿停育的原因，最常见的就是胚胎的染色体异常。
胚胎染色体异常是导致早孕期胚胎停育的最常见的原因，大约占到胚胎停育原因的50~60%左右，还有一些其他的原因会导致胚胎停育。也就是有可能是由于病毒感染，比如平时做的产前的优生五项，包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等等也是导致胎儿停育的常见的原因。
另外，还有一些自身免疫性的疾病会导致抗体的产生，从而引起胚胎停育。而在怀孕中晚期导致胎儿停育的原因，还有可能与胎盘功能不良。比如，如果孕妇患有一些妊娠期合并症，包括妊娠期高血压疾病，严重的妊娠期糖尿病等等会影响胎盘功能。从而引起胎儿停育或者胎儿宫内生长受限等等的情况发生。