引起脑萎缩的原因有很多，有些是生理性的，比如年龄相关性脑萎缩即老年性脑萎缩，也就是我们常说的阿尔兹海默症。有些是病理性的，比如神经退行性疾病、脑卒中等等。
另外常见于脑外伤、脑炎、脑膜炎、脑血管畸形、脑部的肿瘤，还有癫痫长期发作、烟酒过度、营养不良（比如维生素b12的缺乏）、还有甲状腺功能的病变、一氧化碳中毒、酒精中毒等等。
脑萎缩的主要致病因素，其实就是脑血管长期的慢性的缺血，导致的红细胞变形能力下降，引起微血管的有效血溶灌注不足，脑组织处于慢性缺缺血缺氧的状态，使脑细胞的形态以及功能受到影响即形成脑萎缩。