毛孢子菌的发病率不高。毛孢子菌属于一种真菌，此病原体发生感染需要一定的条件，比如潮湿的环境容易发生此病的感染，所以在热带地区毛孢子菌的感染率要高于其它的地区。
正常人群很少发生毛孢子菌的感染，当人体的抵抗力下降时，比如有些患者出现免疫力的低下，就可以导致毛孢子菌的感染，艾滋病患者就可以感染毛孢子菌。
有些患者长期使用抗生素，可以使体内的细菌发生紊乱，会对毛孢子菌的生存环境造成影响，可能会有利于毛孢子菌的繁殖生长。