隐睾在吃药治疗之后是有可能会出现后遗症的，这些后遗症通常都是长时间用药所导致的副作用。对于大于半周岁小于两岁之前的隐睾患者，隐睾可能是由于下丘脑-垂体-睾丸性腺轴出现了异常，从而导致其自身的激素水平发生了改变，尤其是体内睾酮水平低于正常值。
药物治疗主要就是补充激素，而增加体内睾酮的含量。但是由于个体的差异，对于激素的敏感性不相同，每个人所需要的用量也所不相同的。
如果补充激素的量过多、时间过久，有可能会导致男性提前发育，第二性征提前出现。此外，还有可能会导致骨骼异常发育，使得长骨的骨骺线过早的出现闭合，从而会造成侏儒症。