当患者出现细菌性阴道炎后，早期可选择阴道外用药物，例如甲硝唑栓或者替硝唑栓等药物。主要方法是患者尽量在睡前将药物塞至阴道后穹窿部，可以防止药物脱落，可以有效地提高药物疗效。
对于重新发作的患者，可以配合口服药物奥硝唑、甲硝唑栓、甲帕霉素、甲砜霉素等药物进行治疗。如果患者为顽固性阴道炎，患者需要在基础的用药方法上，在进行一至两个的疗程，进行巩固治疗。
细菌性阴道炎治愈后的患者，均需要进行为期六个月的观察，待三次以上的检查结果呈阴性，即为完全治愈。