深海鱼油一般情况下是不会导致便秘。但是由于每个人的体质、生活习惯、饮食结构等都有差异性，所以需要具体分析后才能下判断。
如果本身肠胃功能不是很好的患者，在过多的摄入深海鱼油，而且平时没有经常吃一些富含粗纤维、维生素以及润肠的蔬菜和水果。没有时常喝水，补充人体水分，也没有养成良好的排便规律的情况下，也是也可能会导致便秘的。
这是因为深海鱼油内含有较高的脂肪和蛋白质，吃过多会加重胃肠负担，导致胃肠内食物不能被有效消化与吸收，久之，就会引起便秘。