阴茎短小通常不是蹼状阴茎，阴茎短小一般是由于体内激素水平异常，所导致的阴茎发育异常。
正常情况下，阴茎的发育受到垂体、下丘脑、性腺轴激素的调控，如果在胚胎的第14周以后，体内的激素水平缺乏，就可能会影响阴茎的发育，导致患者在出生后，存在阴茎短小的情况。
蹼状阴茎是由于在发育过程中，阴囊和阴茎的皮肤未能完全分开而导致的。在外观上看，蹼状阴茎患者可以表现为阴茎长度减小，但患者阴茎发育的状况比较良好，阴茎的发育属于正常状态。
蹼状阴茎可以通过手术完全治愈，而阴茎短小通常通过手术治疗是没有效果的。