两边太阳穴疼应根据病因治疗。
首先，考虑是由于血管神经性头痛。例如女性患者在月经期会出现两边太阳穴疼痛的症状，主要是由于体内激素水平出现变化而引起。一般疼痛的症状不严重，无需治疗。如果疼痛严重的，须在医生的指导下服用止痛药物，例如洛索洛芬钠、布洛芬等。
其次，和高血压有关。当出现头痛的时候，建议测量血压，如果血压较高的时候，应使用降压药物调整血压，避免出现脑血管意外。
另外，长时间脑力劳动会引起大脑缺氧，这时也会有两边太阳穴疼痛。建议患者可以到室外适当活动，呼吸一下新鲜空气，有利于改善头痛的症状。