输卵管囊肿的危害需要根据输卵管囊肿的大小来进行判断，如果输卵管囊肿比较大，就会对输卵管造成压迫，从而影响输卵管的功能，进而对输卵管的拾卵或者是运送卵子或者受精卵的功能造成影响，就会引起不孕或者是宫外孕。
如果输卵管囊肿比较大，这个时候还存在囊肿破裂或者是扭转的可能性，出现上述情况会引起疼痛。所以，囊肿超过5cm以上的时候需要进行手术治疗。
如果是输卵管囊肿长时间的生长，就会增加囊肿恶变的几率，所以患有输卵管囊肿后，需要在医生的指导下进行治疗。