肛隐窝炎又称为肛窦炎，既然是炎症，炎症最常见的临床表现就是红肿热痛。而肛窦炎主要也是表现为以渗出、肛门坠胀为主的局灶性炎症。肛隐窝炎的症状主要取决于是急性期还是慢性期。
如果是急性期，常常会有肛管内灼热、刺痛、撕裂痛，排便时症状会加重，肛门发胀、下坠感。如果影响到肛门括约肌，也可伴发短时间肛周部的阵发性疼痛或者疼痛持续数小时，严重时疼痛可以向臀部、骶尾部、会阴部蔓延。而对于慢性期时，多没有明显的症状，常常主要是表现为肛内轻微隐痛、坠胀不适感。