根据结石的大小、部位、病人的身体情况，可有多种手术方式处理肾结石。目前国际、国内流行的两种治疗方式主要包括：
1.输尿管软镜碎石取石术，适用于结石小于2cm，位于肾脏中上盏的结石，一次手术费用大概是2万元左右。
2.经皮肾镜取石术，大部分肾结石采取此种手术方式，适用于直径大于2cm的结石，是目前先进的微创治疗方法，费用一般在2万到4万元，因为地区差异，收费也有差异。
且因为结石的大小、部位等因素，有的只建立1个通道就可以，也有的1次手术建立多个通道，还有的1次手术不能取尽，需要行2期，甚至是3期手术治疗，才能完全取尽结石，所以肾结石手术的花费是不一样的。