自身免疫性甲状腺炎是常见的甲状腺疾病。对于自身免疫性甲状腺炎的发生，往往会有不同的分期。自身免疫甲状腺炎相对来说比较难治，原因在于他是自身免疫性疾病，往往是属于终身性疾病不能够被治愈，所以在自身免疫性甲状腺炎发作，根据不同的分期选则不同的治疗方法。
第一，自身免疫性甲状腺炎处在甲亢期，那么这时应该选择一些抗甲亢药物的治疗。其中包括甲巯咪唑或者是丙基硫氧嘧啶。
第二，在自身免疫性甲状腺炎处于正常期时，不需要特殊的处理，应该增强自身的免疫力，包括吃一些百令胶囊、匹多莫德口服液、夏枯草口服液或者是其他一些改善自身免疫力这样的药物。
第三，对于自身免疫性甲状腺炎处在甲减期应该选择左甲状腺素钠片口服进行治疗来缓解甲减所引起的一些症状。