小袋纤毛虫病的原因如下：
当机体处于长期疾病状态、或者营养不良状态、或者肠道功能失衡状态，就会导致结肠小袋纤毛虫入侵结肠进行繁殖发挥致病的作用。
小袋纤毛虫侵入肠道之后，经过一段时间的适应，就会大量的在结肠进行生长繁殖。同时肠道中的某些细菌，比如金葡菌、肠杆菌等会促进该虫的生长，加速疾病的发生。
如果患者出现病因不明的腹泻，同时根据细菌性痢疾治疗无效者，并且患者有和猪密切接触的历史，就需要高度警惕该病的可能。