肾结石形成的原因比较复杂，可以包括外界的环境因素、自身个体的因素、泌尿系统疾病因素以及尿液的因素。
外界环境因素可以包括自然环境与社会环境，结石的发病有明显的地域性差异，我国南方的结石发病率比北方明显升高。
男性患者可因工作劳累导致出汗较多，使体内液体减少，从而导致肾结石发病的几率升高。一些代谢性因素，如高钙血症、高尿酸血症、甲状旁腺功能亢进等，也可导致肾结石形成。此外一些导致泌尿系统的梗阻性疾病也会导致肾结石形成。