卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种。卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢后，随着月经周期，卵巢部位的子宫内膜也会发生周期性脱落和出血症状。
但是，因为卵巢部位的子宫内膜引起出血后，血液不能够排出，淤积在卵巢囊腔内，逐渐引起卵巢增大，血液颜色变为褐色后，被称为巧克力囊肿。
卵巢囊肿包括巧克力囊肿，还有其他各种囊肿，比如黄体囊肿和卵巢恶性肿瘤等。卵巢部位的不同囊肿会出现不同的临床症状，而且所需要采取的治疗方法也不一样。巧克力囊肿大多数属于良性囊肿，一般需要手术治疗。