首先对于松果区囊肿如果其直径小于2厘米，且表现典型的没有症状型松果体囊肿，进行临床随访并每年进行一次影像学检查即可，也就是说不需要手术。如果出现了相应的症状性病变或者磁共振表现发生变化的病变，建议进行手术缓解症状或者明确诊断。
因为松果体区背侧为胼胝体压部和脉络组织，腹侧为四叠体板和中脑顶盖，头侧为第三脑室后部，尾侧为小脑蚓部，也就是说松果区囊肿位置相对较深，如果要进行手术，是需要进行开颅操作的。