飞秒治疗近视有可能会导致副作用，最常见的副作用可能是导致术后出现干眼症，或者加重干眼症的症状，主要和手术的方式有关。
由于飞秒治疗近视的时候，主要是在角膜上进行，通过激光切削角膜后，在局部的角膜面做透镜从而改变角膜的屈光度，达到矫正视力的效果。由于主要的操作过程在角膜上，所以导致术后角膜表面干燥，从而出现干眼症的情况。
此外，局部角膜上会残留有弧形角膜斑翳，不过瘢痕一般不会影响视力，所以不用担心。