肛瘘在临床上需要与下列疾病相鉴别：
1.化脓性汗腺炎：病变较为广泛，呈弥漫性结节状，常隆起，许多窦道破口，有脓液流出。病变区皮肤色素沉着。多发性外口，没有瘘管硬索通向肛门。2.骶尾部囊肿：先天性表皮囊肿和皮样囊肿继发感染化脓，自溃或切开引流后，形成窦道，没有内口，外口凹陷，不易闭合。窦道向颅侧走行。3.肛周窦道：肛门周围外伤后形成的窦口，长久不愈，其中可能有异物，可从外伤史上鉴别。同时还需要与骶尾部骨髓炎、藏毛窦、臀部放射线菌感染、会阴部尿道瘘、克罗恩病、溃疡性结肠炎、淋巴肉芽肿、直肠癌等相鉴别。