异位胰腺继发病理改变并引起明显症状时，应进行手术治疗。如胃次全切除术、肠切除术、憩室切除术等，病灶较小者可作部分胃壁或肠壁切除，再缝合胃壁或肠管。内镜下内膜剥离术ESD，从胃、肠壁上单纯剥离异位胰腺组织不作为常规手术术式。
术后护理主要是禁食水、胃肠解压，引流管监测，监测生命体征变化、吸氧、抗炎、补液、对症治疗。后期胃肠蠕动恢复以后，给予高蛋白饮食为主，有的需要给予蛋白，防止发生胰漏的情况，定期的换药，增加机体抵抗力，保持良好的生活习惯，定期的复查。