对于卵巢巧克力囊肿的女性，通常巧克力囊肿超过5cm之上，就可以考虑进行手术切除治疗。
在卵巢巧克力囊肿没有破裂的情况下，可以考虑做行腹腔镜微创手术将其切除，这样手术后切口比较小，恢复就会更快些。但如果女性的巧克力囊肿已经出现破裂，而且腹腔内出血比较多，就要进行开腹手术治疗。
由于巧克力囊肿在手术切除以后，还是可能会出现复发，因此为了避免巧克力囊肿的复发，还需要在手术以后肌注亮丙瑞林或者是曲普瑞林来进行巩固治疗。