本病需要与下列疾病相鉴别：
1，肛周毛囊炎和疖痈：好发于肛周皮下，范围较为局限，顶端有脓栓，与肛门直肠无关，肛内指诊无内口。
2，化脓性汗腺炎：病变范围广，呈弥漫性结节状，常隆起，当许多窦道破溃，不与直肠相通且有脓液流出，病变区皮肤色素沉着。
3，肛周坏死性筋膜炎：发病急，肿痛重，病变范围广，波及肛周会阴区及阴囊部。
4，炎性外痔：肛缘皮肤凸起，肿胀、疼痛明显。指检时可有触痛，但没有波动感。
5，骶前囊肿：因其症状与直肠后脓肿相似，常被误诊，指检时发现直肠后位可触及囊性肿块，表面光滑，没有明显压痛。X线检查时发现直肠推向前方或一侧，骶骨与直肠之间组织增厚。