新生儿先天性心脏病的筛查，主要是体检筛查和心脏超声心动图筛查两个方面：
第一，体检筛查。专业的医生可以通过体检初步判断有没有先天性心脏病现象发生，如果医生用听诊器听到杂音现象的发生，这种情况要注意先天性心脏病现象引起。比如胸骨左缘第二肋间听到收缩期杂音，要注意房间隔缺损先天性心脏病引起的可能。
第二，超声心动图筛查。这是可靠的诊断先天性心脏病的检查手段，如果医生检查有心脏杂音现象发生，需要进一步检查超声心动图，及时的心脏超声心动图可以确诊先天性心脏病的类型和严重性。