腔隙性脑梗死临床症状跟梗死部位相关，大致分为前循环脑梗死和后循环脑梗死。
前循环腔隙性脑梗死主要指分布于大脑中动脉及大脑前动脉的穿支和皮层支梗死，比如豆纹动脉梗死可以出现偏瘫、偏身感觉障碍。大脑前动脉穿支梗死可以出现言语不清伴单侧上肢无力；额叶皮层病变可出现精神症状；颞叶皮层病变可出现记忆力下降；顶叶皮层病变可出现古茨曼综合征。
后循环丘脑穿支病变可出现偏身麻木；小脑脑干区病变可出现复视、吞咽困难、饮水呛咳、声音嘶哑、行走不稳；枕叶皮层梗死可出现视力改变。