巧克力囊肿会影响女性的怀孕几率，可能会导致女性不孕，是否很难怀孕要根据巧克力囊肿的严重程度决定。
巧克力囊肿是子宫内膜异位性囊肿，随着时间推移囊肿可能会逐渐增大，严重的可能会造成盆腔粘连，抑制输卵管蠕动，影响卵巢排卵等，则很难怀孕。如果巧克力囊肿比较小，没有影响卵巢的排卵功能时，女性应尽早完成生育。
如果巧克力囊肿比较大应该及早进行手术，并且在手术后身体恢复的情况下，尽早进行监测排卵，进行输卵管通液检查，如无异常尽快尝试受孕。如果卵巢巧克力囊肿比较严重怀孕困难，可以尝试手术后促排卵治疗后，及时取卵进行试管婴儿。