甲状腺的疾病应该首先挂内分泌科。甲状腺和垂体、胰腺，还有肾上腺、甲状旁腺等，这些经典腺体一样，都属于内分泌的最经典腺体。
它分泌的甲状腺激素过多可以引起甲亢，而分泌的甲状腺激素减少，主要是引起甲减，这些都属于甲状腺功能异常的疾病。除了功能异常的疾病，甲状腺的结构也可以出现异常或者是出现疾病，而这些疾病首先也是应该在内分泌科评估甲状腺的功能有没有受到影响、是否需要给予治疗。
甲状腺的功能异常或者结构异常的疾病，除了可以选择内科治疗手段以外，可能还需要和医学科或者外科的协助治疗。但是首先均需要在内科评估甲状腺的功能，并且结合患者的具体情况，选择针对性的治疗方案。