尿道下裂是一种先天性的疾病，目前对于尿道下裂发生的病因并不十分的明确，可以影响胎儿的尿生殖褶融合的病因，均可导致尿道下裂的形成。在先兆流产、早产儿等患者当中，尿道下裂发生的几率相对比较高，尿道下裂可能与以下几种因素有一定的关系：
1.胚胎发育因素。性染色体中的Y染色体发生基因突变，可以形成尿道下裂。
2.基因遗传因素。大多数尿道下裂患者是属于特发性的，但是仍有许多患者的发病有着明显的家族性的倾向，属于多基因遗传病。
3.激素和环境的影响。在胚胎发育过程中的激素水平变化或环境中存在类似于雌激素作用的干扰物质可以导致尿道下裂发生。