含牙囊肿是必须要进行手术的，手术是治疗含牙囊肿最有效的方法，常用的手术方法主要有囊肿切开术以及囊肿刮治术。
在治疗时通常需要先采用囊肿切开术来切开囊肿，释放囊肿内的液体，在液体完全流出后，再进行囊肿刮治术，以此可以达到根治含牙囊肿的目的。
含牙囊肿是由于牙齿发育异常，不能够正常萌出所导致的，未能正常萌出的牙齿会不断对牙齿周围的组织细胞造成刺激，进而形成囊肿。因此含牙囊肿的治疗主要以手术为主，药物治疗几乎是起不到作用的。