肛管尖锐湿疣可以通过药物和手术治疗。肛管内的尖锐湿疣，如果症状不严重，疣体较小，患病时间不长，可以通过外用药物进行治疗，通常可选择咪喹莫特、鬼臼毒素等药物。
如果患病时间较长，疣体比较大或者数量比较多，单纯局部用药效果不好，可以通过手术的方式清除疣体，比如激光手术治疗、高频电刀切除手术、液氮冷冻术等。但是每种手术方式都有适应证，需要根据患者的病情来选择。
尖锐湿疣治疗后容易复发，术后还是要定期复查、还要提高自身的免疫力、多参加户外活动，增强体质、避免过度劳累。