小儿脑炎是否会有后遗症，需要与具体的病情及其严重的程度来决定，并没有特别准确的概念。
一般情况下小儿脑炎如果积极正确地进行治疗后，预后效果都比较好，如化脓性的脑膜炎经过及时的治疗，通常不会导致神经系统的后遗症，但是年龄特别小的患儿会增加脑积水、硬膜下积液等风险，如果治疗不及时还会诱发患儿死亡。
另外如果是感染病毒性的脑炎会增加致残的风险，如单纯疱疹性脑炎，如果感染的是狂犬病病毒导致的脑炎，死亡率几乎是100%，因此对于脑炎后遗症是要根据具体情况来决定的。