宝宝矮小首先需积极查明病因，针对病因进行相应治疗。病因不同，治疗方法不同。
如为宝宝患先天性疾病，或慢性消耗性疾病等，引起严重营养不良所致的身材矮小，纠正营养不良的同时，需积极治疗原发病。如为内分泌疾病引起的生长激素分泌不足所致的身材矮小，需积极补充生长激素，同时治疗原发病。
如为颅脑肿瘤等中枢神经系统占位性疾病等所致的身材矮小，需由专业医生根据宝宝具体病情，对症选择手术、化疗或放疗等对症治疗。