新生儿脑炎一般情况下大部分患儿可以治愈，少数患儿如果治疗不及时会遗留后遗症。根据病因可以分为细菌性脑炎及病毒性脑炎，还有真菌性脑炎。
临床上，根据患儿病情严重程度及治疗效果，病情进展程度不同，所以治疗效果因自身体质而异。但是如果出现以下的情况，预示预后不好。
如果是出现下列的并发症，比如脑软化或者硬膜下积脓，或者脑萎缩，提示预后较差。所以新生儿脑炎最好在早期发现，如注意观察孩子喝奶精神及眼神，还有姿势等情况。早期治疗，及早治愈，或者是改善预后。